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| IBAコード | サイト名 |
| 1 | 利尻島 |
| 2 | 声問大沼 |
| 3 | サロベツ原野 |
| 4 | クッチャロ湖 |
| 5 | 枝幸、目梨泊 |
| 6 | 天売島 |
| 7 | コムケ湖、シブノツナイ湖 |
| 8 | 能取湖、網走湖 |
| 9 | 濤沸湖 |
| 10 | 知床半島、斜里岳 |
| 11 | 野付、尾岱沼 |
| 12 | 風蓮湖、温根沼 |
| 13 | トモシリ、チトモシリ島 |
| 14 | ユルリ、モユルリ島 |
| 15 | 霧多布湿原、琵琶瀬湾 |
| 16 | 厚岸湖、別寒辺牛湿原 |
| 17 | 大黒島 |
| 18 | 釧路湿原 |
| 19 | 十勝川下流域 |
| 20 | 十勝海岸湖沼群 |
| 21 | 阿寒、屈斜路 |
| 22 | 大雪山 |
| 23 | 日高山脈 |
| 24 | 石狩川流域湖沼群 |
| 25 | 旧長都沼 |
| 26 | ウトナイ湖、勇払原野 |
| 27 | 鵡川 |
| 28 | 支笏、洞爺 |
| 29 | 八雲 |
| 30 | 亀田半島南岸、函館湾 |
| 31 | 松前小島 |
